Príprava interného auditu je veľmi dôležitým predpokladom, aby interný  audit splnil stanovený cieľ. To kladie vysoké nároky predovšetkým na vedúceho interného audítora, ktorý za priebeh auditu zodpovedá. Len dobre pripravené interné audity umožnia zmonitorovať skutočný stav manažérskeho systému a odhalil možnosti jeho zlepšenia.

V rámci  prípravy interného auditu vypracuje vedúci interný audítor program interného auditu, v ktorom určí:

• cieľ, náplň a rozsah interného auditu,
• identifikácia vedúceho previerkovej skupiny a jednotlivých členov,
• identifikáciu preverovanej organizačnej jednotky a zodpovedného pracovníka,
• dokumenty, ktoré slúžili ako podklad pre prípravu auditu (referenčné dokumenty),
• požiadavky na sprístupnenie vybraných priestorov (sklad meradiel, registratúrne stredisko, sklady materiálu a pod.),
• dátum a čas konania interného auditu, ako aj jeho predpokladá trvanie,
• miesto konania interného auditu.

S   programom   interného  auditu   musí  byť  oboznámený  pracovník zodpovedný za preverovanú oblasť. Odporúča sa, aby sa o tomto oboznámení vyhotovil záznam.

Následne vypracuje vedúci interný audítor kontrolný list interného auditu, kde uvedie súbor otázok z preverovanej oblasti. Počet otázok, ako aj ich obsah musí zohľadnil dôležitosť preverovaných procesov a zabezpečiť splnenie cieľov auditu. Pri tvorbe otázok vychádza vedúci audítor predovšetkým z podkladov:

• preverovaný dokument (príručka manažérskeho systému, smernica, pracovný postup a pod.),
• norma príslušného manažérskeho systému,
• zistenia predchádzajúceho interného (prípadne externého) auditu,
• záznamy o nezhodách a reklamáciách, týkajúcich sa preverovanej oblasti,
• prijaté nápravné a preventívne opatrenia v preverovanej oblasti.