Vedúci interný audítor vypracuje Protokol z interného auditu kvality, v ktorom uvedie:

• nezhody, návrh ich odstránenia, termíny a zodpovedných pracovníkov,
• dôkazy nezhôd (napr. čísla záznamov),
• referenčné dokumenty, voči ktorým boli nezhody vystavené (napr. články príslušnej normy, internej dokumentácie alebo zákona), celkové zhodnotenie auditu

V protokole sa zhodnotí preverovaná oblasť, určia sa jej slabé a silné stránky. Protokol musí byť podpísaný vedúcim previerkovej skupiny ako aj zodpovedným pracovníkom preverovanej organizačnej jednotky (ako dôkaz uznania zistených nezhôd).

Protokol je dôležitý dokument, ktorý slúži pre vedenie organizácie na hodnotenie celkovej efektívnosti zavedeného manažérskeho systému.

Jedným z dôležitých momentov pri zlepšovaní manažérskeho systému je odstraňovanie nezhôd, zistených pri interných auditoch. Pokiaľ neboli nezhody odstránené priamo na audite, je potrebné skontrolovať ich odstránenie dodatočne. Odstránenie nezhôd sa dá preveriť viacerými spôsobmi:

• overením povereným pracovníkom (overenie môže vykonať napr. vedúci interný audítor, pracovník zodpovedný za manažérsky systém),
• mimoriadnym interným auditom.

Z preverenia odstránenia nezhody sa vyhotoví záznam.

Aby interný audit viedol spoločnosť k zvyšovaniu efektívnosti zavedeného manažérskeho systému, je potrebné:

• pri zistených nezhodách posúdiť ich príčiny a po posúdení ich závažnosti navrhnúť nápravné, prípadne i preventívne opatrenia
• podľa potreby odporučiť zmenu dokumentácie, zvážiť ďalšie návrhy na zlepšenie.
• Efektívnosť prijatých nápravných a preventívnych opatrení sa hodnotí

Hodnotenie oblasti otázok z katalógu

OK – v preverovanej oblasti nie je rozpor medzi požiadavkami medzinárodných štandardov, legislatívy, internej riadiacej dokumentácie a zistenou skutočnosťou

NZ – námet na zlepšenie: hodnotenie ako OK, avšak preverovanú oblasť je možné zabezpečovať lepšie a efektívnejšie

KN – kritický nález:

V preverovanej oblasti nie je preukázané plnenie požiadavky medzinárodných štandardov, resp. legislatívy, resp. internej riadiacej dokumentácie, resp. zákazníka, alebo,

V preverovanej oblasti nie je preukázané plnenie požiadavky medzinárodných štandardov, resp. legislatívy, resp. zákazníka, aj keď tieto požiadavky sú úplne premietnuté do internej riadiacej dokumentácie

NN – nekritický nález:

V preverovanej oblasti je preukázané úplné plnenie, alebo prevažné plnenie požiadavky medzinárodných štandardov, resp. legislatívy,  resp. zákazníka, avšak tieto požiadavky nie sú úplne premietnuté do internej   riadiacej dokumentácie, alebo,

V preverovanej oblasti je preukázané prevažné plnenie požiadavky medzinárodných štandardov, legislatívy a zákazníkov a tieto požiadavky sú úplne premietnuté do internej riadiacej dokumentácie

Celkové hodnotenie preverovaného procesu:

Hodnotenie Uspokojivý (označenie A) – bez kritických nálezov

Hodnotenie Neuspokojivý (označenie B) – ak sa vyskytne minimálne 1 kritický nález